Por otro lado, al tratarse del lugar más indefenso de la frontera por no disponer de fortificaciones adecuadas para la defensa, era el primer punto en caer en manos del enemigo que cruzara el Bidasoa. Así, entre los hechos de armas de especial relevancia y sentimiento para los iruneses, cabe destacar la victoria lograda contra los franceses el 30 de junio de 1522, batalla de San Marcial, que dio lugar a un voto de gracias y a la conmemoración de tal gesta mediante la celebración de la principal fiesta de la ciudad ese día de cada año, traducida en una procesión cívico religiosa: Alarde de San Marcial.

El 31 de agosto de 1813, con otra batalla en el mismo lugar, se pondría fin a la guerra de la Independencia.

A lo largo del siglo XIX, siendo una villa eminentemente liberal, sufrió el acoso continuado de las tropas carlistas durante las sucesivas guerras civiles, llegando a sufrir cuantiosos daños en los edificios de la población y numerosas bajas entre sus habitantes.

Durante siglos, este lugar sería zona de paso, entre otros, de los numerosos peregrinos que, por el camino de la costa, dirigían sus pasos hacia Santiago de Compostela.

Aprovechando la pequeña elevación en torno a la actual plaza de San Juan Harria, donde desde 1763 se yergue la Casa Consistorial, se organiza otro pequeño núcleo urbano que capitalizará la energía y actividades municipales. Este sector, amén de que el Juncal pierde fuerza sobre todo a partir del ataque sufrido en 1638, se organizó en torno al Camino Real de Castilla y su conexión con la calzada que conducía a Behobia.

El núcleo de Uranzu, que surge junto al camino a la plaza fuerte de Fuenterrabía, se desarrolla a la sombra e influjo de la casa-torre de la zona.

Por último, la zona de Behobia tenía personalidad casi propia y diferenciada, puesto que se hallaba bastante alejada del resto del pueblo, y se desarrolla en torno al vado sobre el Bidasoa y posterior puente que permitían acceder más fácilmente al otro lado de la frontera. Para defender este enclave estratégico, Fernando el Católico mandó construir a principios del siglo XVI un castillo en un altozano próximo (Gazteluzar o Castillo Viejo).