Al incorporarse Gipuzkoa a Castilla en 1200, Irun empezó a transformarse en un centro estratégico vital, debido a su ubicación, reflejándose en las actividades comerciales. Bien es cierto que la situación fronteriza conlleva consecuencias negativas, que se han hecho sentir en la historia de la población, evidenciándose en las numerosas incursiones, ataques, invasiones y saqueos llevados a cabo por el enemigo de allende el Bidasoa.

De todos modos, desde el siglo XIII se constata una evolución positiva del poblado irunés, que refleja sus focos de mayor actividad y densidad de hábitat en los aledaños del puerto del Juncal, en las cercanías del alto donde hoy se ubica la plaza de San Juan Harria, junto a la zona de Uranzu y en el paso de Behobia.

Además de su actividad comercial y paso obligado por el Pirineo Occidental, la ocupación principal de sus moradores es la agricultura y la ganadería, así como la extracción de mineral para la producción de hierro en las ferrerías irunesas, para lo que era necesaria una importante reserva maderera en los montes comunales, como así lo atestigua el Fuero de Ferrerías de 1338.