Su apogeo bajo la dominación romana lo alcanzó en los siglos I y II. Irun era el punto de confluencia de tres calzadas: la que, paralela a la costa cantábrica, recorría el norte peninsular desde Lugo; la que, por el valle del Ebro, procedía de Tarragona, y una tercera que venía desde Briviesca. En Irun conectaban con las Galias, al otro lado del Bidasoa.

La ciudad romana se asentaba a orillas del mar, junto al estuario formado por la desembocadura del Bidasoa, y más concretamente en los aledaños de la iglesia del Juncal, en las estribaciones del cerro de Beraun, siendo uno de sus máximos exponentes el puerto romano recientemente puesto a la luz en la actual calle Santiago.

Otros testimonios de la presencia romana en Irun los hallamos en la necrópolis de Santa Elena, así como en las inmensas galerías del macizo de la Peña de Aia, que evidencian una prolongada y continua explotación minera. Es probable que la forma de vida romana perdurara hasta el siglo VIII, a pesar de las sucesivas invasiones, saqueos y conflictos bélicos en general.