Según datos recogidos por Serapio Múgica en su tarea de organización del Archivo Municipal (1897-1898), los documentos más antiguos del Archivo se destruyeron en las invasiones que las tropas francesas realizaron por esta frontera.

	Según las ordenanzas de este año, las escrituras que pertenecían al pueblo (inventariadas) se debían guardar en el Archivo de la Iglesia, del cual un Jurado y un Diputado tenían una llave cada uno. El dato más antiguo que proporciona Serapio Múgica, referido al archivo como tal, se remonta a mediados del siglo XVII. Señala que en 1648 se rescataron de Francia los papeles del Archivo, gracias al favor de amigos y pagando cien reales por ellos. Estos documentos seguramente fueron llevados en 1638 durante la invasión francesa que asoló Irun y Fuenterrabía.
	Al conseguir Irun la exención de Fuenterrabía en 1766 se acordó trasladar el Archivo de la Sacristía a la Torre por no haber en aquella suficiente capacidad para todos los papeles que se iban a traer de la ciudad de Fuenterrabía.
	En sesión de 27 de diciembre de 1767 se pretende sacar los papeles del Archivo de la Sacristía de la Iglesia del Juncal, poniéndolos en un lugar más cómodo; se acuerda también trasladarlos a la primera pieza de las que había en la torre del campanario llamada Labezarra.
	En 1796 se acordó en el Ayuntamiento hacer un armario para el Archivo y encuadernar los documentos en pergamino, encargando al Escribano José Berrotarán la obra.
	En 1807 Domingo Olazabal, Juan Antonio Olazabal, El Barón de Oña y José Joaquín de Escorza arreglaron el Archivo. El 14 de mayo de 1837, al entrar al asalto los ingleses en Irun, todo el archivo anduvo por la calle y desapareció la Real cédula de exención de jurisdicción civil y criminal que había sido concedido a la Universidad de Irun en 1766. En 1841 fue devuelta por el Presbítero Juan Justo de Mocorrea quien la había recibido bajo secreto de confesión.
	En 1843 el Ayuntamiento mandó arreglar de nuevo el Archivo.

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A comienzos de octubre de 1981 la Diputación Foral de Guipúzcoa procedió a la contratación de ocho personas para trabajos en prácticas de los mismos, con el fin de cumplir aquel objetivo. El Ayuntamiento de Irun había aprobado con anterioridad la convocatoria de oposición restringida para la provisión en propiedad de una plaza de auxiliar de Archivos, Bibliotecas e Investigación, vacante en la Plantilla, pero al no llegarse a ningún acuerdo, aún no se había designado Archivero. En el pleno del 17 de diciembre de 1982 se aprobó el puesto de archivero el cual recayó en Jose Monje García, licenciado en Filosofía y Letras.
Hasta el año 1987 los fondos del Archivo estuvieron dispersos en las diferentes dependencias municipales. Finalmente, fue trasladado a las dependencias de la Villa Ikust-Alaia donde, en la actualidad, gozan de unas condiciones inmejorables de conservación. En los últimos cinco años el local ha sido objeto de grandes cambios estructurales. Se ha ampliado creando dos nuevos depósitos y una sala de trabajo interno y se han eliminado barreras arquitectónicas facilitando el acceso mediante la construcción de una rampa. Cuenta con sistemas de control de temperatura y humedad relativa y un sistema antirrobo. El Archivo también ha sido dotado de un sistema de detección de incendios y de un dispositivo de gas que se dispara automáticamente, puertas cortafuegos y armarios rodantes que, además de no ser combustibles, permiten aprovechar mejor el espacio. También en este período se han acometido tareas de digitalización (más de un millón de imágenes) y restauración de documentos.

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